После установки сайт отображается, но некоторые ссылки, такие как в корзину и подробно, показываются в неверной кодировке.

Это результат неудачного редактирования конфигурации phpshop/inc/config.ini. Обычно так бывают, если файл открывают через файл-менеджер на хоcтинге в неверной конфигурации. Файлы нужно открывать в кодировке windows-1251. Нужно взять файл phpshop/inc/config.ini из архива и заменить, перенеся только первые 10 строчек конекта к базе (блок [connect]), или последние 10 (зависит от типа установки).

[connect]
host = "localhost";
user_db = "root";
pass_db = "";
dbase = "enterprise_4";