Если вы хотите загружать базу из 1с в валюте, отличной от рубля, то должно быть что бы у вас в магазине товары были указаны в той валюте, которая забита в 1с.

Частая ошибка пользователя в том, что он заводит товаров в магазин в валюте, отличной от рублей. те или доллары или евро и ставит валюту по умолчанию в магазине ее же, те доллары. А так нельзя. В России валюта по умолчанию должна быть рубли, а товар вы можете заводить в любой валюте, только в карточке товара отмечайте тогда валюту, в которой вы вводите товар.

Для того, чтобы магазин понял в какой валюте вы синхронизируете склад в обработке 1С нужно в сотв. таблице "Соответствий" указать все доступные валюты и их обозначение.
Те указать что валюта Евро = EURO в магазине. Информацию какая валюта как обозначается можно взять их "Списка доступных валют" в магазине. Как только вы заполните эту табличку товар будет синхронизироваться правильно.