Куда должны быть внесены характеристики в системе 1С чтобы была корректная выгрузка их в формат CSV?

Для занесения информации по характеристикам номенклатуры необходимо выполнить следующее:
1. Установить флаг "Использовать характеристики номенклатуры". Для нужно открыть форму "Настройки параметров учета" (меню "Сервис->Настройка учета->Настройка параметров учета") и перейти на страницу "Учет товаров"
2. На форме элемента справочника "Номенклатура" должен появится флаг "Вести учет по доп. характеристикам" (признак того, что для данной номенклатуры ведется учет по характеристикам). Информация о характеристиках номенклатуры можно заносить либо на вкладке "Характеристики" формы номенклатуры, либо по кнопке "Перейти" открыть подчиненный справочник «Характеристики номенклатуры».

* может отличаться расположение константы "Использовать характеристики номенклатуры" и название реквизита для разных конфигураций 1С 8*, но принцип одинаков.