При размещении большого числа каталогов в меню навигации происходит обрезание их вывода. Не все каталоги доступны для выбора в шаблоне Bootstrap.
Требутся отключить фиксации верхнего меню
Для отключения фиксации верхнего меню следует заменить в файле java/jqfunc.js параметр FIXED_NAVBAR:

// Фиксация главного меню
var FIXED_NAVBAR = false;

Описание Bootstrap API фиксированной навигации: http://getbootstrap.com/components/#navbar-fixed-top

Изменения нужно вносить в файлы main/index.tpl и main/shop.tpl