В нашей 1С есть дополнительное поле "Старая цена", как нам его добавить в транспортный файл синхронизации и учитывать его в самом магазине?

Следует воспользоваться новой возможностью 1С-Хуков для выгрузки и учета дополнительных полей без вмешательства в код обработки.

Инструкция по использованию: http://faq.phpshop.ru/page/1c-hook.html