Для пакетного добавления/удаления товара в выгрузку Яндекс Маркет можно воспользоваться выгружаемом из административной панели прайс-листом. Поле YML в прайс-листе обозначает условие учета товара в выгрузке.
1 - учитывает
0 -не учитывает
После редактирования прайс-листа следует его загрузить обратно через административную панель в раздел "База" - "Загрузка прайс-листа Excel"


Так же можно в разделе управления товарами вывести нужные товары, отметить их галочкой и в меню "С отмеченными" выбрать добавить/убрать в YML прайс.