Если вы внесли изменения в файлы и не хотите, чтобы они переписывались при очередном обновлении, то следует создать файл backup/upd_black_list.txt, куда записать имена файлов в формате:
[путь1]
files = "file1,file2"
[путь2]
files = "file3,file4"
например:
[phpshop/admpanel/java]
files = "menu3.js;phpshop.js"
[phpshop/admpanel/page]
files = "adm_pagesID.php"
[phpshop/admpanel/photo]
files = "adm_catalogID.php"
[phpshop/admpanel/rssgraber]
files = "adm_chanelsID.php;adm_chanels_new.php"